【发展历程】自20世纪80年代后期，围绕国际河流水文过程，陆疆跨境生态系统变化规律、驱动因子及生态效应，国际河流水资源分配模式、合理利用方案与保护对策，跨境生态安全综合调控模式与冲突协调机制，流域综合开发和地缘合作决策支持系统等，云南大学（含2002年整体并入的云南省地理研究所）开展了系列的深入研究，逐步发展和确立了国际河流和跨境生态安全研究理论体系。
    2000年，云南大学创建我国第一个国际河流学术研究机构“亚洲国际河流中心”，2009年申报建设云南省国际河流创新团队。期间，与国际国内从事“国际河流”研究、保护与管理的知名机构建立了广泛深入的合作，如与大西洋海岸大学联盟（ACC  Universities）开展项目研究和人才培养方面的合作，与全球五大洲10所从事跨境水资源研究的大学发起建立全球“跨境水资源大学联合会（UPTW）”，与清华大学等发起建设“清华大学跨境河流水与生态安全研究中心”等，在国际和国内具有一定的知名度和影响力。
   在整合校内相关团队和资源的基础上，云南大学于2008年开始了国际河流与跨境生态安全省重点实验室的建设，并于2010年通过建设验收和挂牌。经过6年多的建设，实验室确立了4个研究方向：国际河流跨境水资源分配与合理利用、国际河流生态过程对全球变化的区域响应、国际河流健康与流域生态安全维护、国际河流区跨境生物入侵和生物多样性保育，其中国际河流跨境水资源、国际河流生态过程和跨境生态安全研究方向具有鲜明的特色和明显的研究优势。

【体系构架】目前，实验室初步建成5个研究室（国际河流跨境水资源、气候变化与国际河流水文、国际河流水域生态与健康、生物入侵与跨境生态安全、国际河流资源环境遥感）和3个支撑平台（综合实验室、国际河流资源环境信息管理系统、气候变化数值模拟）；实验室教学和科研实验用房300m²，仪器设备共计200多台（件、套），总价值2000多万元；近年来，在云南主要国际河流区还新建了部分野外基地，如：澜沧江中下游干流河段及部分支流（基独河、沘江、补远江、南腊河）水文生态监测基地、元江干流及支流戛洒镇老寨小流域水文生态监测基地、怒江干流及支流南汀河水文生态和山地灾害监测基地。上述研究室、支撑平台和野外基地是实验室的基本构架。而且，国际河流与生态安全研究院还与云南省水文水资源局、云南省水利水电科学研究院、华能澜沧江水电有限公司、中国水电顾问集团昆明勘测设计研究院有限公司、云南省环境科学研究院、云南今业生态建设集团有限公司、云南今禹生态工程咨询有限公司等签订长期合作协议，上述机构为实验室的高层次人才培养和科学研究提供实践基地，从而形成了将产学研一体化发展和为国家重大决策提供科技服务密切结合的特色建设之路。

【人才队伍】实验室现有学术（学科）带头人及固定科研骨干人员32人，以中青年博士为主，博士比例80%以上，副高以上职称人员占70%。实验室主任为国务院政府特殊津贴获得者（2011年），被遴选为云南省首批（2013年）科技领军人才培养对象；实验室建有“国际河流”省级创新团队（2009年）；3人次获得国家科学技术进步奖二等奖，2人入选云南省中青年学科带头人后备人才，近20人次获得省部级自然科学奖和科学进步奖（一、二等奖）。实验室人才队伍的专业方向涉及地理学、水文学与水资源、生态学、植物学、动物学、气象学、环境科学和工程等，专业知识结构符合本实验室建设需要。实验室还聘任来自清华大学、新加坡国立大学、中国科学院相关研究所以及美国、日本等相关机构的6名客座（外聘）教授。同时还接收来自美国、澳大利亚、德国等大学和机构的访问学者到实验室进行合作研究。

【学科组成】实验室与校内相关机构联合共建生态学国家重点学科、地理学省级优势特色学科、环境科学与工程省级重点学科、气象学省级重点学科。拥有生态学（一级）、跨境生态安全（自主增设）、生物学（一级）、大气科学（二级）学科博硕士学位授权点，以及地理学一级学科硕士授权点。联合共建生态学博士后流动站。经过 “211工程”连续多期国家重点学科建设项目资助，这些学科和学位点得到快速发展，成为国家资源环境领域的高层次人才培养的重要基地之一。

【成果产出】自建设以来，实验室在基础和应用基础研究领域的产出成果丰硕，在国内外相关学术期刊发表论文400余篇，其中SCI /EI等收录论文200余篇；在国家和部级出版社组织出版和参编学术著作和国家级规划教材等近20部；专利授权10余项；先后获国家科技进步二等奖1项、国家教学成果二等奖1项，省部级（自然科学奖、科技进步奖、教学成果奖等）一、二等奖10多项。同时实验室核心竞争力也显著提升,在科研项目申报承担上，先后获国家“973”计划、国家科技支撑计划、国家“863”计划、国家重大科技专项、国家自然科学基金和国家社科基金重点等国家和省部级重大/重点项目或课题10项，其它科技计划项目和课题超过150项。

【服务社会】在国际河流水文过程与陆疆生态系统变化规律、驱动因子及跨境生态效应，国际水分配模式、合理利用方案与保护对策，跨境生态安全综合调控模式与冲突协调机制，流域综合开发和地缘合作决策支持系统等多方面，发展和确立了我国国际河流研究、跨境生态安全维护的理论体系，为我国国际河流与跨境水资源的合理利用与保护、地缘合作与环境外交及维护国家权益等提供了科学依据。自建设以来，实验室科技支撑能力显著提升。在西南国际河流综合开发和跨境生态安全维护，跨境地缘合作和环境外交，西南高原山地退化环境整治和退化生态修复，国家和省级自然保护区规划和生物多样性保护，重大国土建设工程和资（能）源开发工程环评与生态保护等多方面，提交高层咨询报告10多份，提交地方政府和相关企事业单位咨询/研究报告50多项。

目前，实验室在国际河流与跨境生态安全的相关特色研究领域和方向已经具有丰厚的研究积淀，构建了合理的实验室层次和体系构架，形成了规模适当、年龄和知识结构合理的人才团队，拥有门类齐全的学科体系和学位授权点，成为资源环境领域的国家高层次科技创新和人才培养的重要基地之一。